常見的閥門有截止閥、隔膜閥、閘閥、蝶閥、旋塞閥、球閥等。在制藥及生物行業，純化水設備比較常用的是閘閥、球閥以及隔膜閥。基于純化水質量風險考慮以及相關法規要求，純化水設備應當使用衛生級、零死角的閥門，優先選擇隔膜閥。
閘閥屬于直行程閥門，執行直線性動作，這種閥門多用于小于1MPa的管道。在純化水制備中，閘閥的密封圈為橡膠，可以減少管道振動和噪聲，補償由溫度變化而引起的膨脹和收縮。
球閥屬于角行程閥門，可以實現90°旋轉動作。幾乎沒有壓力損失，流向可選擇，適用于1.6~3MPa的中壓管道中。如果設備管道使用酸、堿，閥門需選擇襯膠隔膜閥。如果設備管道采用自動控制或者遠程控制方式，通常使用氣動隔膜閥。無論是襯膠隔膜閥還是氣動隔膜閥，均可以在強腐蝕性介質中使用（≤60℃），工作壓力低于0.6MPa。
閘閥和球閥均可以控制設備內介質的流動或者停止，起到隔離介質的作用。純化水設備對閥門有嚴格的要求，必須確保嚴密不漏。在使用閥門前，應以1.25倍的工作壓力進行水壓試驗，檢查閥門的啟動和關閉狀態時的靈活程度，檢查填料情況確保符合企業用途，檢查調料密封處的閥桿的質量確保不被銹蝕、
